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番木瓜未成熟果實中含有木瓜蛋白酶、木瓜凝乳蛋白酶A、木瓜凝乳蛋白酶B、木瓜肽酶B 等多種蛋白水解酶。且已知四種半胱氨酸蛋白酶的一級結構具有高度的同源性。其中，木瓜蛋白酶屬巰基蛋白酶，可水解蛋白質和多肽中精氨酸和賴氨酸的羧基端，并能優先水解那些在肽鍵的N-端具有二個羧基的氨基酸或芳香L-氨基酸的肽鍵。
木瓜蛋白酶是一種蛋白水解酶，分子量為23406，由一種單肽鏈組成，含有212個氨基酸殘基。至少有三個氨基酸殘基存在于酶的活性中心部位，他們分別是Cys25、His159和Asp158，當Cys25被氧化劑氧化或與金屬離子結合時，酶的活力被抑制，而還原劑半胱氨酸（或亞硫酸鹽）或EDTA能恢復酶的活力。另外六個半胱氨酸殘基形成了三對二硫鍵,且都不在活性部位。純木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，約占可溶性蛋白質的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質的20%；及纖維素酶等不同的酶。?
木瓜蛋白酶是從番木瓜里提取出來的，一般產于廣西、廣東、海南等地方。木瓜蛋白酶不僅可以食用，還在美容行業、醫療行業都有一定的利用價值。那么木瓜蛋白酶到底有哪些作用呢？
1、木瓜蛋白酶是一種有用的消化酶，能幫助胃更好的分解蛋白質，并促進營養吸收。例如，它對消化不良的人很有幫助。
2、它有溶解脂肪和軟化皮膚作用。此外，它還幫助清除死亡細胞并保持皮膚健康。這也是這種酶廣泛用于美容產品的原因所在。
3、它有抗炎作用，能撫慰腸胃并減輕水腫。木瓜蛋白酶的抗炎特性還能治療燒傷和唇皰疹。
4、木瓜蛋白酶能有效治療胃潰瘍，溶解白喉薄膜。
5、它的用途還包括治療腫脹和擦傷，并能抑制手術后的腫脹和發燒。
6、木瓜蛋白酶能緩解不同的食物過敏，尤其對食物蛋白質不消化引起的問題最有效。
7、木瓜蛋白酶中的氨基酸能通過防止胃酸倒流，幫助減輕腸易激綜合征癥狀。
8、后腰痛，扭傷和拉傷的患者可以將木瓜蛋白酶納入飲食緩解不適。此外，它還能減輕喉嚨腫脹和竇性疼痛。
9、研究發現木瓜蛋白酶還是很好的免疫刺激劑，有助于加強免疫系統。
10、由于是一種蛋白水解酶，木瓜蛋白酶還能幫助應對腸道寄生蟲。此外，它還有分解食物蛋白質的作用。