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木瓜蛋白酶廣泛存在于雙子葉植物番木瓜的根、莖、葉和果實中，其中以未成熟果實的果汁中含量最為豐富，約占干重的40%。
木瓜蛋白酶（papain）,又稱木瓜酶，是一種羥基蛋白水解酶。分子量為23406，CAS號為9001-73-4。木瓜蛋白酶很容易失活，一些化學物質如氧化劑H2O2或脈沖電場高壓等均能使它失去活性，在室溫下熱穩定性較差。
采用多中心、隨機、自身對照的臨床試驗方法，對110例尋常痤瘡患者進行痤瘡分級后，給予含木瓜蛋白酶的護膚品，每日2次，連續使用1個月。結果，使用護膚品28天后，皮損有明顯改善（P＜0.05）。
木瓜蛋白酶通過抑制活化血小板膜纖維蛋白原受體的表達，并抑制肌動蛋白聚合以及釋放反應從而劑量依賴性地抑制血小板聚集反應，有抗血栓形成作用。
食品
在啤酒中加入30μg/ml木瓜蛋白酶可以作為啤酒的澄清劑。木瓜蛋白酶還可以作用肉類加工肉類嫩化，餅干輸送劑，以及改良豆類制品等。
保健食品
可應用于各種保健食品。
其他
治療皮膚潰瘍，可以清理痤瘡、切斷傷、燒燙傷等各種皮膚表面的潰瘍，可以有效去除腐爛組織從而防止皮膚感染，而對健康組織無影響。
尚未查到有效資料。
木瓜蛋白酶可引起過敏反應，過敏體質的人群應引起注意。
易受重金屬離子和氧化劑破壞。
未查見相關文獻資料。
其他 尚未查到有效資料。
木瓜蛋白酶具有抗菌、抗血栓等生理功能及作用，我國批準其為食品添加劑，按生產需要量添加，使用量為0.5~5mg/kg。
本文摘自《營養功能成分應用指南》