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盡管沒有研究表明木糖醇對人類有任何顯著的副作用，但作為糖醇的一種，木糖醇不易被完全吸收，食用過量會對胃腸有刺激，造成腹瀉。木糖醇對于大多數的哺乳動物是較安全的，不過對于汪星人卻是有毒的。研究發現，口服木糖醇對于小鼠的安全性能達到20g/kg體重，但對于汪星人，口服0.1mg/kg體重就會造成致死性的低血糖。
最近，科研人員對各種代糖的長期生物學效應產生了濃厚興趣。近期一篇發表在《自然》的文章中，實驗人員讓小鼠持續飲用含10%商業甜味劑的水溶液（由0.5%糖精（saccharin）、蔗糖素（sucralose）或阿斯巴甜（aspartame）和9.5%葡萄糖組成）。11周之后，相比對照組（單獨飲用水、10%葡萄糖水或蔗糖水），實驗組的小鼠身體組織吸收葡萄糖的能力嚴重受損。進一步研究表明，這些不產生熱量的非營養性甜味劑是通過影響腸道菌群造成小鼠葡萄糖不耐受。這個實驗結果揭示了長期大量食用非營養性甜味劑的安全隱患，但是這一結論目前還沒有得到人群中的調查數據支持。因該實驗中并沒有測試木糖醇等可產生低熱量的營養性甜味劑的效果，所以，長期食用木糖醇是否與代謝疾病具有相關性還需要進一步詳細的研究才能下結論。
1. Campbell, A. and N. Bates, Xylitoltoxicity in dogs. Vet Rec, 2008; 162(8): 254.
2. Suez, J., et al., Artificial sweetenersinduce glucose intolerance by altering the gutmicrobiota. Nature. 2014;514(7521): 181-6.