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甲硝唑為人工合成的硝基咪唑類藥物，有抗阿米巴、抗滴蟲、抗賈第蟲、抗小袋蟲、抗厭氧菌等作用，臨床上主要用于治療或預防厭氧菌引起的系統或局部感染，如口腔、腹腔、消化道、女性生殖系統、呼吸道、皮膚及軟組織、骨和關節等部位的厭氧菌感染，甲硝唑屬于廣譜抗厭氧菌藥物，抗菌譜包括脆弱類桿菌和其他類桿菌屬、梭形桿菌、產氣芽胞桿菌、真桿菌、韋容球菌、消化球菌屬和消化鏈球菌屬等厭氧菌。
1、口腔感染：口腔感染常合并有厭氧菌感染，甲硝唑具有抗厭氧菌作用，可用于急性冠周炎、牙周炎、牙齦炎、牙髓炎、牙周膿腫等，可口服甲硝唑或使用含甲硝唑的溶液漱口。
3、女性生殖系統：主要用于滴蟲性陰道炎、厭氧菌感染陰道炎，盆腔炎等。其中滴蟲陰道炎是由陰道毛滴蟲感染引起的下生殖道炎癥，主要經性接觸直接傳播。診斷為滴蟲陰道炎者的首選硝基咪唑類藥物如甲硝唑，推薦方案：全身用藥，甲硝唑2g，單次口服；或替硝唑2g，單次口服。替代方案：全身用藥，甲硝唑400mg，口服，每日2次，共7d。滴蟲陰道炎治療一般不推薦局部用藥，對于不耐受口服者才考慮選擇局部用藥。
2、消化系統：與其他藥物聯用用于根治幽門螺桿菌。近年的流行病調查表明，幽門螺桿菌對甲硝唑耐藥率達到60-70%，因此，有條件的醫療機構可做藥敏試驗，以優化根治方案。對于感染以及使用抗生素引起的結腸炎也有效。
4、皮膚及軟組織：痤瘡丙酸桿菌為革蘭氏陰性厭氧菌，甲硝唑痤瘡丙酸桿菌對有一定的抗菌作用，可口服也可外用，近年隨著抗菌藥物的濫用，痤瘡丙酸桿菌對甲硝唑的耐藥率逐年升高，因此甲硝唑一般需聯合應用其他抗菌藥物如克林霉素或紅霉素。
5、呼吸道感染：呼吸道感染如急性扁桃炎，慢性支氣管炎急性發作，鼻竇炎，急性咽喉炎，因常合并厭氧菌感染，使呼吸道癥狀加重，聯用甲硝唑抗感染療效較好。
6、腹部感染：腹部感染常合并厭氧菌感染，甲硝唑為廣譜抗厭氧菌感染的藥物，可用于膽囊炎、急性闌尾炎、急性胰腺炎等感染的治療。
7、急性乳腺炎：在未知感染菌種和藥敏結果之前，可采用抗需氧菌和厭氧菌藥物進行治療，甲硝唑是可選擇藥物之一。
8、外傷：用甲硝唑氯化鈉注射液沖洗外傷（如頜面外傷）傷口，可預防外傷或清創術后的殘余感染和繼發性感染，縮短療程。
9、肛周膿腫：肛周膿腫常有厭氧菌感染，甲硝唑可口服或外用用于肛周膿腫治療。
10、預防手術感染：可用預防于口腔、消化系統、生殖系統手術過程可能發生厭氧菌感染。
1、甲硝唑的藥品不良反應發生率高，大約有15%～30% 病例出現不良反應，以消化道反應最為常見，包括惡心、嘔吐、食欲不振、腹部絞痛，一般不影響治療；神經系統癥狀有頭痛、眩暈，偶有感覺異常、肢體麻木、共濟失調、多發性神經炎等，大劑量可致抽搐。少數病例發生蕁麻疹、潮紅、瘙癢、膀胱炎、排尿困難、口中金屬味及白細胞減少等，均屬可逆性，停藥后自行恢復。
2、有活動性中樞神經系統疾患和血液病者禁用。
3、厭氧菌感染合并腎功能衰竭者，給藥間隔時間應由8小時延長至12小時。
4、甲硝唑可抑制酒精代謝，患者服用甲硝唑24h 內或在服用替硝唑72h內應禁酒。
5、服用甲硝唑者，服藥后12-24h內避免哺乳，以減少甲硝唑對嬰兒的影響；服用替硝唑者，服藥后3天內避免哺乳。
6、甲硝唑為濃度依賴性抗菌藥物，但因其蛋白結合率低（低于20%），抗菌后效應相對較短，劑量與不良反應的發生率相關，不可一次劑量過大，故仍需每天2次或者每天3次給藥，這與其他典型的濃度依賴性藥物不同。
硝基咪唑類藥物除了甲硝唑外，其他還有替硝唑、奧硝唑、塞克硝唑等。甲硝唑價格相比較便宜，性價比高。替硝唑對脆弱擬桿菌及梭桿菌屬作用強于甲硝唑，但對梭狀芽孢桿菌屬作用弱；替硝唑對血腦屏障的穿透性較甲硝唑還要高，這與替硝唑的脂溶性較高有關。奧硝唑的致畸作用低于甲硝唑與替硝唑，雖然藥品說明書注明奧硝唑同其它硝基咪唑類藥物相比，對乙醛脫氫酶無抑制作用，但仍有奧硝唑致雙硫侖反應的報導。