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青霉素是20世紀40年代應用于臨床的第一個天然抗生素，隨后在青霉素的化學結構基礎上又研發了一系列半合成青霉素。
青霉素還有一個名字叫盤尼西林，它算是一個“歷史悠久”的老藥了；阿莫西林也有個名字叫羥氨芐青霉素，它們都是同屬于青霉素類的抗生素。
1、從藥物的結構上面來說，阿莫西林是在青霉素的基礎上，又多了一個羥基一個氨基，所以叫做羥氨芐青霉素。
2、從抗菌譜上面來講，青霉素G即平時我們所說的青霉素，屬于是窄譜青霉素，對溶血鏈球菌、肺炎鏈球菌等革蘭氏陽性的球菌、李斯特菌等革蘭氏陽性的桿菌、淋球菌等革蘭氏陰性球菌以及大多數厭氧菌有效，但是對革蘭氏陰性桿菌則是無效的。
而且阿莫西林是屬于廣譜的青霉素，除了青霉素所能覆蓋的細菌之外，還對自身的大腸埃希菌、奇異變形桿菌、沙門菌屬、志賀菌屬以及流感嗜血桿都有著良好的抗菌活性。青霉素對自身腸球菌僅有的抑制作用，常常需要和其他的抗生素相聯合。而阿莫西林對腸球菌作用比較青霉素強。阿莫西林還對幽門螺桿菌有殺滅作用。
并且二者相似，但是又有不同，青霉素主要是對增殖期的細菌有殺滅的作用，對革蘭氏陽性菌以及革蘭氏陰性球菌，都有相對比較強的殺菌作用，而阿莫西林對革蘭氏陽性菌的作用是略低于青霉素，但是它對革蘭氏陰性桿菌，比如：破傷風桿菌，幽門螺桿菌等有相對比較強的殺滅作用。我們經常說治療幽門螺桿菌感染常用的四聯藥物，其中之一就有阿莫西林。
3、阿莫西林，是屬于半合成的青霉素，它有注射劑，也有口服制劑，但是青霉素，僅僅只有注射劑，僅供注射以及靜脈滴注使用。二者都用青霉素做皮試。皮試陰性方可使用。
4、適應證的不同，阿莫西林是可以用來治療傷寒、傷寒帶菌者；還可以與克拉霉素、蘭索拉唑三聯用藥以根除胃、十二指腸幽門螺桿菌，降低消化性潰瘍復發率。但是青霉素卻沒有這些適應證。
5、劑型，青霉素G是由于不耐酸，口服之后可以迅速被胃酸所滅活，僅僅吸收給藥量的15%左右。所以，青霉素G僅有注射劑型。
而阿莫西林口服則不被胃酸所破壞，而且吸收迅速比較的完全，可以吸收給藥量的60%--75%左右。所以，阿莫西林不但有注射劑，也有口服劑型。
6、不良反應，青霉素比較常見的不良反應為變態反應，主要的表現為過敏性的休克、溶血性的貧血、血清病樣的反應等。
阿莫西林的口服比較常見的不良反應為胃腸道的反應，比如：腹瀉、惡心、嘔吐等相對比較的常見，其次則為皮疹，傳染性的單核細胞增多癥患者比較容易發生。
其實我們從不良反應來看，二者都可以引起過敏的反應，但是青霉素則以速發型的過敏性休克最為嚴重，如果一旦搶救不及時的時候或許可以致命；但是阿莫西林的這種情況相對比較的少見，發生過敏多則為遲發性的粟粒樣皮疹等表現。
所以，綜上所述，青霉素和阿莫西林的抗菌譜都不同，適應證也是不同的。青霉素G只有注射劑，而阿莫西林還有口服劑型，在不良反應方面略有不同，臨床上面的應用應該根據患者以及疾病的情況合理的進行選用。